医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
北京协和医院风湿免疫科是我国早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家和教授。风湿免疫科是国家教委风湿病专业全国重点学科。风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。
肿瘤内科参与首都医学发展科研基金项目、“863”基金项目以及“十一五”国家自然科学基金项目等大型研究，在对恶性肿瘤进行的学术攻关中成绩斐然。
多年来，协和肿瘤采用经循证医学证实的方案，结合肿瘤的进展，努力使患者得到、和适宜的。
2018年12月4日消息，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。
小儿发热会诊是由儿科发起，针对不明原因发热，组织多科室会诊。
会诊团队：儿科、免疫内科、感染内科、遗传检验、皮肤科、病理科、放射科等。
会诊流程：
1、符合会诊适应症的患者可由首诊医师征得患儿家属同意，开具会诊预约单，家属持预约单到会诊中心办理相关手续。
2、会诊中心工作人员将根据申请单上的要求，与家属进行沟通并办理会诊手续。
3、家属必须携带门诊或住院病历、检查报告、化验结果、影像学等全部资料，按约定时间参加会诊。
预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
会诊时间：每周三下午
会诊地点：门诊疑难病会诊中心